¿Puede un integrante de las fuerzas de seguridad negarse a cumplir una orden de un superior por considerarla ilegal?

Sí, tiene el derecho (y el deber) de no acatar órdenes manifiestamente ilegales, especialmente aquellas que impliquen la comisión de un delito, sin que esa negativa fundada pueda ser válidamente sancionada como insubordinación.